Las proteínas activas componen el grupo más numeroso y complejo, realizan múltiples funciones. Las proteínas activas constituyen el grupo molecular más abundante en la naturaleza.

Las proteínas activas desempeñan múltiples funciones activas en el funcionamiento del organismo. Todas tienen en común que para desempeñar su función han de interaccionar específicamente con otra sustancia llamada “ligando“

Las enzimas se unen a un “ligando” que se denomina “sustrato”  y catalizan su transformación química en otra sustancia diferente.

El segundo tipo de proteínas activas son las proteínas transportadoras. Estas se unen reversiblemente a un ligando y lo transportan de un lugar a otro del organismo.

También, actúan así la hemoglobina y la mioglobina, citadas como proteínas conjugadas transportadoras de oxígeno.

Las proteínas reguladoras interaccionan con el ligando y ponen en marcha determinados procesos celulares.

Las proteínas contráctiles se unen al “ligando”, experimentando un cambio de conformación que tiene como consecuencia el acortamiento o alargamiento del órgano u orgánulo en el que se encuentran.

Las proteínas inmunes se unen específica e irreversiblemente a un “ligando” que es una sustancia tóxica o una célula o fragmento celular. Como consecuencia de dicha unión, el agente tóxico o antígeno, queda bloqueado y no puede ejercer su función.

Aunque en ocasiones se emplea una clasificación basada en las funciones de las proteínas, con frecuencia se recurre a otros criterios. Como su composición y complejidad, que permiten dividirlas en dos grandes grupos:

• Holoproteínas o proteínas simples

Están formadas únicamente por cadenas polipeptídicas, ya que en su hidrólisis (descomposición en subunidades) sólo se obtienen aminoácidos. Dicho de otra forma: están formadas exclusivamente por aminoácidos.

• Heteroproteínas, proteínas complejas o conjugadas

Además de las cadenas polipeptídicas, están compuestas también por una parte no proteica que se denomina “grupo prostético”.