Los antígenos se clasifican principalmente en función de sus orígenes.
Por ejemplo, los antígenos que ingresan al cuerpo desde el exterior por ingestión, inhalación o inyección se denominan antígenos exógenos. Estos incluyen patógenos, productos químicos, toxinas, alérgenos, pólenes, etc.
Los autoantígenos son proteínas celulares normales o un complejo de proteínas que son atacadas por error por el sistema inmunológico, dando lugar a enfermedades autoinmunes. Una autoproteína normal se convierte en un autoantígeno debido a una tolerancia inmunológica alterada, que puede ser causada por factores genéticos o ambientales.
Los antígenos tumorales se producen debido a mutaciones específicas del tumor que ocurren durante la transformación neoplásica de células normales en células cancerosas. Estos antígenos se expresan en la superficie de las células cancerosas para ser reconocidos por el sistema inmunológico.
Sin embargo, a pesar de expresar antígenos de superficie celular, la mayoría de las células cancerosas adquieren la capacidad de escapar de la eliminación mediada por el sistema inmunológico.