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Diferencias entre qPCR y dPCR

Diferencias entre qPCR y dPCR

En este artículo discutiremos las diferencias entre qPCR y dPCR en aras de la claridad. La amplificación del ADN por PCR es actualmente una técnica de laboratorio fundamental, y las innovaciones siguen ampliando su uso en los laboratorios de investigación y en las clínicas. La PCR cuantitativa (qPCR) permite la cuantificación relativa del ADN objetivo y es un método fiable y bien establecido para verificar la presencia o ausencia de determinadas secuencias (por ejemplo, la mayoría de las pruebas basadas en la PCR para detectar coronavirus utilizan la qPCR). Otra forma de PCR, la PCR digital (dPCR) o la PCR digital en gotas (ddPCR), utiliza una química similar para detectar secuencias de ADN.

¿Qué es la PCR en tiempo real (qPCR)?

La PCR en tiempo real o cuantitativa (qPCR) utiliza moléculas informadoras fluorescentes para cuantificar los productos amplificados. Al igual que en la PCR convencional, se amplifica una plantilla de ADN, ADNc o ARN, pero en cada ciclo se controlan las señales fluorescentes para una cuantificación relativa o absoluta. Esta técnica es útil para muchas áreas de investigación, como el análisis de la expresión génica, el genotipado, el análisis de microARN, el análisis de la variación genética y el análisis de proteínas.

¿Qué es la PCR digital (dPCR)?

La PCR digital (dPCR) se está convirtiendo en la tecnología complementaria a la PCR en tiempo real para la cuantificación precisa de los ácidos nucleicos, ya que puede ofrecer una alta sensibilidad y un rendimiento robusto frente a los inhibidores. La PCR digital reúne una amplia gama de aplicaciones de investigación, ofreciendo una fiabilidad inigualable para la cuantificación de objetivos raros, variaciones en el número de copias (CNVs), expresión de genes y más.

  • Cuantificación de genes con baja abundancia o pequeñas diferencias
  • Cuantificación absoluta
  • Variación del número de copias del gen (CNV)
  • Determinación del número de copias del vector (CNV) y detección de retrovirus competentes para la replicación (RCR) o lentivirus (LCL) en el contexto de la terapia celular adoptiva
  • Detección de eventos raros, como mutaciones de genes cancerígenos en tejidos o biopsias líquidas.

Diferencias entre qPCR y dPCR

La qPCR es un método de uso frecuente para el cribado de grandes poblaciones de células y puede proporcionar un genotipado rápido mediante HRM. La dPCR se recomienda para analizar la variación del número de copias, ya que puede detectar con precisión la variación de copias con menos repeticiones que la qPCR.

Ventajas qPCR

  • Amplio rango dinámico de detección
  • Bajo coste experimental por muestra
  • Alto rendimiento de las muestras

Ventajas dPCR

  • No depende de las curvas estándar ni de las muestras de referencia
  • Alta tolerancia a los inhibidores biológicos y a la preparación de muestras
  • Mejor rendimiento para aplicaciones que requieren mayor sensibilidad y precisión

Cuando es necesario detectar eventos raros

Una aplicación particularmente buena para la dPCR es la detección de eventos raros en los ensayos clínicos. Biocompare habló con Gary Lee, científico principal de Sangamo, Inc. sobre la adopción de la dPCR por parte de la empresa a finales de 2011. Sangamo está especializada en terapia génica y diseña nucleasas que unen el ADN a la proteína de dedo de zinc (ZFP), lo que permite personalizar la expresión génica. Una de estas terapias, que actualmente se encuentra en dos ensayos clínicos de fase II, podría proporcionar algún día una cura funcional para el VIH, ofreciendo una alternativa a los tratamientos farmacológicos convencionales.

RT-PCR o qPCR

Los avances en biotecnología han permitido descubrir diversas formas de satisfacer la demanda de trasplantes de órganos a lo largo de los años. En el pasado, una persona que donaba voluntariamente un órgano inmediatamente después de su muerte a un paciente necesitado sólo podía desencadenar la operación de trasplante. El estudio y la investigación continuos de los biólogos condujeron al descubrimiento de las células madre.

Las células madre son células extraídas del ADN de un embrión, que servirán como fuente para la regeneración de células que serán esencialmente un clon del órgano del que se extrajo el ADN. Aunque los activistas de los derechos humanos presionan para que se ponga fin a estos procedimientos, las operaciones realizadas con éxito han demostrado la eficacia de los avances de las células madre en el trasplante de órganos.

Sin embargo, antes de poder apreciar y comprender plenamente las células madre, es necesario familiarizarse con las diferentes terminologías asociadas a este descubrimiento científico. El cultivo de células madre tiene que ver con el ADN y su codificación. Por lo tanto, es crucial para los estudiantes o cualquier persona interesada en este campo hacer la distinción entre RT-PCR y qPCR.

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  1. Understanding RT-PCR Tests and Results
  2. Gentaur
  3. qPCR (Real-Time PCR) and RT-qPCR
Epidemia, Pandemia, Virus

Alta demanda de puntas con filtro – Filter tips

Alta demanda de puntas con filtro - Filter tips

Debido al incremento en el uso de las pruebas PCR hay una escasez mundial de puntas con filtro PCR 1000 ul y 1250ul para la amplificación en pruebas de ADN.

Grandes distribuidores como Gentaur fabricaron puntas de filtro para poder continuar suministrando a los laboratorios de diagnóstico y forenses pero la producción de puntas con filtro grandes se ha detenido. Sin embargo, aún hay disponibles puntas de filtro pequeñas.

Evidentemente, esto no es suficiente ya que la demanda mundial de puntas ha aumentado demasiado rápido debido a la detección del coronavirus con PCR.

La prueba PCR, reacción en cadena de la polimerasa, es una técnica para amplificar el ADN usando una estación de trabajo Thermocycler y polimerasa TAQ (encima de la bacteria Thermus Aquaticus).

La PCR se utiliza en laboratorios forenses, laboratorios de diagnóstico y laboratorios de investigación. La detección de variaciones del cáncer, el virus del papiloma humano VPH y la resistencia a la tuberculosis con spolygotyping dependen de la PCR.

Gentaur suministraba originalmente puntas con filtro de Neptune scientific en San Diego, California, fabricadas en México. Nuestra importación se limita ahora a 10 cajas por mes pero necesitamos 500 cajas.

Sólo hay pequeñas plantas de puntas con filtro disponibles en el mundo. Bélgica y Polonia no fabrican por lo que nuestras puntas de filtro están producidas en Alemania en las empresas Greiner, Corning, …

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Gentaur intentó obtener puntas con filtro en la India pero el gobierno indio prohibió en septiembre de 2020 la exportación este producto. El contenedor con puntas de filtro enviado a Europa fue retirado y regresó a Mumbai, Accumax, el fabricante indio.

Sin puntas de filtro disponibles en EE. UU., Europa e India, Gentaur ahora está intentando importar puntas de filtro en China pero los grandes laboratorios como Synlab priorizan los fabricantes chinos.

“Será un invierno difícil para nuestros clientes forenses, de diagnóstico y de investigación”, dice Lieven Gevaert, director de Gentaur Bvba en Kampenhout.

Nuestros clientes de laboratorio podrían cambiar y comenzar a trabajar con volúmenes más pequeños ya que todavía hay disponibles puntas con filtro de 10 ul. Si se agotan, técnicamente, estarán parados.

Desde los años 90 la PCR se ha vuelto cada vez más importante en nuestros laboratorios científicos. No puedo imaginar que este invierno podamos volver a una situación como la de antes de los 90, en la que ya no se pueda rastrear a los delincuentes, no se puede caracterizar el cáncer y no se detecten los virus.

Todavía existe la técnica de detección de antígenos y anticuerpos de SARS-CoV-2 pero carece de la misma velocidad de detección del virus SARS-CoV-2 tras la infección.

Las PCR pueden detectar el SARS-CoV-2 2 días después de que una persona entre en contacto con el virus COVID-19, el antígeno de 3 a 4 días y el anticuerpo de 5 a 7 días.

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