Técnica RISA - Análisis RISA de secuencias ribosómicas intergénicas

Técnica RISA – Análisis RISA de secuencias ribosómicas intergénicas

¿Qué es RISA? (Análisis de Secuencias Ribosómicas Intergénicas)

RISA, o análisis de secuencias ribosómicas intergénicas, se utiliza en el análisis de diferentes tipos de microorganismos. Sirve para comparar cultivos bacterianos que se distinguen por el tipo de medio en el que viven o el método de tratamiento. Es un método que funciona sin sesgos en los enfoques dependientes de cultivos. También se conoce como “huella comunitaria”.

Flujo del proceso:

La técnica RISA se basa en la amplificación por PCR de la región del operón del gen ARNr situada entre las subunidades ribosómicas pequeña (16s) y grande (23s). Se trata de la llamada región espaciadora intergénica (ISR). Utilizando cebadores de oligonucleótidos dirigidos a regiones conservadas en las 16S y 23S, podemos generar fragmentos de RISA de la mayoría de los genes bacterianos dominantes en una muestra ambiental.

A diferencia de la mayor parte del operón ARNr, que tiene una función estructural, los fragmentos RISA pueden codificar ARNt dependiendo de la especie bacteriana. Sin embargo, el valor taxonómico de los RISA radica en su excesiva heterogeneidad tanto en longitud como en secuencia de nucleótidos.

En RISA, explotamos la heterogeneidad de la longitud de los ISR, que se ha demostrado que oscila entre 150 y 1500 pb.
El producto obtenido por PCR es una mezcla de fragmentos aportados por varios individuos dominantes de una especie. Este producto se somete a continuación a una electroforesis en gel de poliacrilamida y el ADN se visualiza tras una tinción.

El resultado de la electroforesis es un patrón complejo de bandas que proporciona un perfil específico de la especie, en el que cada banda de ADN corresponde a la población bacteriana correspondiente.

Qué es un método RISA
Qué es un método RISA

¿Qué es la técnica de la huella dactilar?

La técnica de la huella dactilar es una técnica de laboratorio utilizada para determinar la probabilidad en la identidad de una persona basándose en las secuencias de nucleótidos de ciertas regiones del ADN humano que son exclusivas de los individuos. La toma de muestras de ADN se utiliza en diversas situaciones, como investigaciones criminales, otros fines forenses y pruebas de paternidad. En estas situaciones, se busca una coincidencia entre dos muestras de ADN.

El uso de técnicas de huellas dactilares ofrece la posibilidad de evaluar la presencia de diferencias entre poblaciones microbianas, pero no proporciona una determinación directa de la filiación taxonómica

Qué es la técnica de huellas dactilares del método RISA
Qué es la técnica de huellas dactilares del método RISA

¿Qué podemos identificar con RISA?

Con RISA, podemos identificar Enterococcus cecorum. Pertenece al grupo de patógenos oportunistas y puede desempeñar un papel como agente etiológico de enfermedades en humanos (principalmente infecciones nosocomiales), pollos y palomas. Recientemente, esta bacteria parece ser una amenaza para la industria avícola en todo el mundo. La infección por esta bacteria en pollos puede causar septicemia, endocarditis o, en casos graves, necrosis cerebral y encefalomalacia.

La bacteria rara vez ataca al cuerpo humano, pero hay casos de infección de la placa postoperatoria de la hernia y de colonización en las vías urinarias.